1957年初，中国科学院学部委员黄鸣龙教授听了毛主席在最高国务会议上的讲话很激动。毛主席在讲话中，要求大家知无不言，言无不尽，欢迎大家提意见，想办法，把各项工作搞好。黄教授经过深思熟虑，在中国科学院学部委员会第二次全体会议上慷慨陈词，发表了尖锐的意见。一、科学院各个研究机关，不应该阶层森严。建议取消封建残余、衙门作风，不要以“长”为贵，不要论老资格，必须以研究成绩为重，以才为贵。二、不做研究工作的，不能当研究机关的所长和副所长，行政领导要深入第一线，了解下情，才可免除官僚主义和教条主义。三、要保证科研人员有足够的时间从事研究。他出席第三届全国人民代表大会时，曾提出应确保科研人员有充分的时间从事科研工作。
这些意见切中时弊，也表达了黄教授对于改进科研工作的迫切愿望。不料反右斗争开始，他竟为此遭到了批判。