1959年，他趁着妻子出差，偷偷把一管液体灌入刚满一岁的儿子嘴里，看着儿子天真的笑容，他流着泪吻了吻儿子：儿呀，为了亿万孩子的健康，爸爸只能这么做了！爸爸对不起你！ 1955年夏天江苏南通等地发生脊髓灰质炎疫情，大量儿童感染发病，全国范围出现紧张情况。顾方舟在苏联期间关注到相关信息，并参与获取疫苗技术资料。回国后他继续投入脊髓灰质炎预防研究。1958年他在国内首次分离出脊髓灰质炎病毒，为后续免疫方案提供依据。1959年3月他被派往苏联考察疫苗生产工艺，经过分析比较，结合中国人口多和资源条件，建议采用减毒活疫苗路线而不是灭活疫苗。这个建议得到采纳。 1959年12月脊髓灰质炎活疫苗研究协作组成立，顾方舟担任组长。团队首先完成动物实验。之后进入临床试验阶段。他本人先服用疫苗溶液，一周后身体指标正常。为验证对儿童的安全性，在妻子出差期间他让刚满一岁的儿子服用了疫苗液体。之后实验室其他同事也让自己的孩子参与试验。经过一个月的观察，参与试验的儿童身体状况保持正常，第一期临床试验获得通过。 疫苗液体形式在当时条件下保存和运输存在困难。顾方舟团队开始研究改进剂型。他们将疫苗制成糖丸形式，加入适宜辅料，提高了疫苗的稳定性和便携性，也方便儿童服用。这种糖丸疫苗在1961年开始研制，1962年左右取得成功。生产方面，团队在云南昆明郊区建立医学生物学研究所，从简陋的山洞条件起步，克服原料和设备短缺问题，逐步实现规模化生产。1960年首批疫苗生产出来并投放使用。 糖丸疫苗在全国推广后，脊髓灰质炎的年发病率出现明显下降趋势。城市和农村的接种工作逐步展开，有效控制了疾病传播。顾方舟参与制定适合中国国情的免疫策略，包括免疫方案和接种范围。长期跟踪数据显示，疫苗使用使数千万儿童避免感染风险。1994年9月全国发现最后一例本土脊髓灰质炎病例，此后未再出现本土野病毒传播病例。 2000年世界卫生组织确认中国实现无脊髓灰质炎状态，顾方舟作为代表在证实报告上签字。他一生主要从事脊髓灰质炎疫苗相关研究和推广工作，同时在医学教育和科研管理领域担任职务，包括中国医学科学院北京协和医学院院长。2019年1月2日顾方舟因病在北京去世，享年92岁。他被授予人民科学家国家荣誉称号。