1948年，马步青托人向马步芳说情：我们是亲兄弟，我决不反对你，只希望给我一个实际的地位，使我不要闲起来就行了，马步芳则对此一脸不屑的回道：去掉不易，哪能自讨麻烦，把他在拉回来。


1944年，马步青，马步芳两兄弟之间的矛盾越来越深，二人之间的感情已经彻底破裂，当时，马步青曾一度在重庆闲居，但因无事可做，便回到了临夏居住，并经过一番奔走，获得蒙藏委员会一职。


1948年，南京国民政府召开行宪会议，马步芳，马步青两兄弟都来到了南京参加会议，当时马步青有意缓解他与马步芳之间的矛盾和恩怨，先要从回青海任职，便托人给马步芳说好话，马步芳这边则担忧马步青从回青海，会危及自己的军政大权，便没有理会，这让马步青感到十分的失望和无奈，便回到临夏继续过着他居家无聊的生活。


1949年8月，我解放军部队进军临夏后，马步青惶恐不已，带着一家老小逃亡西宁，西宁解放后，他又带着一家人逃往重庆，而在国民政府败退到台湾后，他则是一群国军军政要员一同逃到了香港。



马步青带着一家人逃到了香港后，靠着自己在甘肃搜刮的金银钱财在香港买了数套房子，做起了包租公，



但是，几套房子的租金收入仅仅只够一家人的基本开销，而他的妻儿老小们一直都保持着在临夏时期的生活消费水平，这就使得马步芳很快就入不敷出。


马步青见这样下去，不是好事情，便决定在香港开一家西北风味的饭店，这家西北风味的饭店刚开时，当地人图个新奇都会去品尝品尝，但时间长了，味不对口，去的人越来越少，饭店的生意越来越差，最终以倒闭作为结束。


饭店的生意倒闭后，马步青并没有因此闲下来，而是又看上了股票生意，他便开始学起了炒股，结果贪财心切的马步青在股票市场将自己搜刮多年的钱财和珠宝全部赔进去了，这让他既懊悔，又难受。


这一时期的马步青只能够通过变卖房产来勉强维持一家人的生活和开销，但这样子是维持不了多久的，马步青见此局面，便写信到台湾，寻求那些与自己私交不错的国民党军政要员的帮助，请他们在蒋介石面前为自己说话，让自己能够带着一家人来到台湾生活。


1965年，在一些与马步青私交不错的国民党军政要员的帮助下，蒋介石同意马步青带着一家人来到台湾生活，到了台湾后，蒋介石给了马步青防务部门中将参议的虚职，虽然没有实权，但却有一番薪水和工资，够马步青养活和维持一家人的正常开销，1977年，79岁的马步青因病病逝于台北，走完了他颠沛流离的一生。