过去，关于“日本人起源”的主流观点认为，现代日本人主要由两大祖源构成：列岛最早的“绳文人”和后来从大陆迁徙而来的“弥生人”。

然而，最新的基因测序显示，日本人来自三个地方。基因测序全日本3256人，覆盖北海道、本州、九州、冲绳等区域，覆盖面够大。

日本人至少具有三重祖源：一支集中于冲绳，一支在东北部最为显著，另一支广泛分布于西部。其中，西部人群与汉族基因联系最密切；东北人群则与古代朝鲜半岛居民及绳文人关联更深。这表明日本列岛的人口形成是数千年多波迁徙、融合与重组的结果，而非简单双源混合。

这项最新研究不仅重塑了日本人起源图景，更深刻表明：每个现代民族都是漫长迁徙、融合与适应的历史产物。现代每一个人都携带着远古人类的印记，每一个人也几乎都是融合的产物。

据有人观察，日本社会起码有超过三分之一甚至一半的人，看起来和中国人很像，说明祖先来自中国大陆。 其实世界上的真正单一民族或族群很少了，光小小的朝鲜半岛估计来源就不一致，中国的汉族更是个大杂烩。