二战期间日军公然违背国际法，大肆使用化学、生物武器以及各类违禁弹药，施害范围以中国为主，东南亚仅有少量使用。

日军将化学武器称作“特种烟”，涵盖糜烂、窒息、催吐等多种致命毒剂，自1937年淞沪会战起，在国内二十多场会战、扫荡中广泛施放，致使数十万军民中毒死伤；出于忌惮美军报复，仅在东南亚少量使用轻度毒气，未对欧美军队动用剧毒药剂。

日军设立731、1644等细菌战部队，研发鼠疫、炭疽等病菌，在中国常德、浙赣等地投放细菌弹、污染水源粮食，引发大范围瘟疫，同时在东南亚开展人体实验。另外日军还违规使用达姆弹、白磷弹，疯狂轰炸平民。日军生化武器长期祸及我国，留下难以消除的生态与民生创伤。