时代之别：三省六部是中国古代的君权与相权之间的权力斗争的产物，最终目的是为了君主集中制的巩固，也是古代行政机构为“天下为家”的服务宗旨；三权分立是现代资本主义共和国制度下的产物，最终目的是分化权力造成行政机构互相之间的限制，也是现代行政机构为调配“权利”资源。
结果之别：三省六部是分割丞相制度，消极影响最终导致君权独揽和朝廷腐败现象重生的后果，积极意义在于防止出现外戚或宦官专权的王权空档期，最终国家命运与统治者的德行或视野有密切关系；三权分立是分割总统大权，消极影响在于集中力量办大事的效率程度有所降低，积极影响在于没有出现独裁者。（和平年代）