根本原因：太平天国运动仍是单纯的农民战争。农民阶级不是新生产方式的代表者，农民小生产的特点使他们的政治眼光受到限制，他们无法克服自己的弱点。在中国近代史上，没有无产阶级的领导，农民自身不可能达到解放的目标，也不可能完成反帝反封建的历史任务。农民阶级的阶级局限和历史局限是太平天国失败的根本原因。
主要原因：
1.中外反动势力的联合绞杀。清朝统治者在与其所代表的封建地主阶级在镇压太平天国上比较团结一致，他们又与西方列强联合起来，共同镇压太平天国，双方力量对比相差悬殊。
2.太平天国虽然颁布了《天朝田亩制度》等纲领性文件，但始终未能满足广大农民群众获得土地的要求，也未能实行正确的工商政策和管理城市的政策，因而不能得到城乡广大人民群众长久有利的支持和帮助，这场农民战争便不能长期坚持并获得决定性胜利。
3.太平天国领导集团的严重分裂给自身造成了严重破坏和损失，大大削弱了起义队伍的力量。造成这一现象的一个重要原因，是太平天国领导者当权后，日益腐败，不能抵拒封建剥削阶级腐朽思想文化和生活方式的侵蚀，因而严重脱离了广大军民群众，以致争权夺位，互相残杀，甚至叛变投敌，自毁长城，这是导致太平天国失败的一个重要原因。
4.太平天国军事战略上的诸多失策，根据地建设上的诸多失误，后期纪律上的松弛和败坏，以及对待知识分子政策上的失当等，也是它招致失败的一些重要因素。