1949年，蒋介石逃往台湾前，并没有通知孙科。这样做，实际上就是拒绝孙科去台湾，毕竟他们恩怨几十年，老蒋对孙科也就这态度。 1949年国民党全面败退，蒋介石从成都准备撤往台湾，12月10日登机时，副官询问是否带孙科，蒋摇头拒绝，将孙科排除。孙科滞留香港，前一天晚间获知撤离安排，却名单无其位。作为刚卸任行政院长核心人物，本应随行，却因积怨被遗弃。这决定源于二十余年恩怨，蒋视孙科难重用，孙科多次公开反对蒋独断。恩怨追溯1927年分裂，孙科支持武汉，与汪合作，批评蒋破坏团结。蒋整合军阀，孙科指责独裁倾向，分歧不止派系，还涉领导理念。孙科主张分散权力，蒋强调军权集中。分裂后，孙科回归南京，但摩擦未消，蒋回避孙科提案，孙科报告隐含异议。1931年广州会议冲突高点，孙科任立法院长，讨论迁都，孙科坚持广州，蒋推动南京。会议气氛紧张，孙科强调蒋专断损害整体，蒋阵营记录未回应。争执数小时，孙科列举蒋决策事例，如个人干预军阀。会议结束，决议倾向蒋，孙科未能逆转。 此后，蒋减少提及孙科，孙科拖延蒋法案。1930年代后期，孙科宪政改革提案监督分权，在会议受阻。蒋视威胁，利用名声不授实权。孙科主持辩论列条款，如行政立法平衡，蒋代表修改转向军事优先。方案搁置，孙科专注铁道，会晤减少。抗日期，孙科救亡方案联合抗日，与蒋冲突。孙科主张积极投入，蒋侧重持久内部。孙科会议陈述分配协调，蒋否决干扰计划。孙科离去美国，内部流传不满，加深戒备。回国职位名义。1940年代，孙科限权提案强调监督，委员会讨论遭阻。孙科数据支持，蒋以战时驳回。1947年副主席，协调实权剥夺，蒋干预决定。选举前蒋支持孙科血统稳政权。过程孙科私生活攻击，蒋不满未能应对。投票败李宗仁，蒋记录软弱。1948年行政院长，推动和谈联络提出条件。蒋操控否决分享。孙科会议益处，蒋亲信反对。辞职前迁都争，孙科南方蒋台湾。孙科强调教训，蒋部署延长。 1949年败局定，蒋成都行辕审阅名单，笔划孙科姓名，指示副官无需通知。孙科香港浅水湾获零散消息，撕信。高层撤走，孙科滞留边缘，生活乱。蒋登机引擎启动，行程未提孙科。抵达台湾布置防务，党内讨论对立，如1927分裂1931指责1948失败。孙科联系旧识回应稀，翻旧档回忆宪政阻挠和谈拒。这些累积，蒋撤退隔离孙科。暴露内斗本质，重利益无情谊。孙科孙中山后人，本该邀，却旧隙弃子。国民党高层类似事例多，孙科案突出血统无保障。蒋对孙科态度从借鉴报告到完全排斥，反映权力优先。孙科多次尝试联合反蒋，如1931非常会议1944宪政推动，但犹豫落空。蒋稳固后，孙科海外流亡，凸显国民党分裂后果。 国民党败退后，孙科未随蒋去台湾，先香港浅水湾居住。1949年春辞行政院长，与政权断联系，成为寓公。无权无资，生活拮据。1950年春节，长女孙穗英寄资金购年货，旧情人索费用，原配陈淑英争执心脏发作。亲信疏远，孙科处理家务，次子孙治平美国致电移居。1952年携书画像赴美，加州帕萨迪纳租公寓。每日步行图书馆读古籍，华侨学校讲三民主义，收入够食物。邻居视普通老人，不知背景。孙科美国闲居，靠子女接济，处理家庭，避免政治。台湾政权稳，1964年蒋派送信邀返回。孙科阅搁置，次年10月29日乘专机抵台。回台任考试院院长，名义显赫权力限，参与政务。直至1973年9月13日去世，终年82岁。
