1941年12月，财政部缉私署成立，戴笠兼任署长并派员校阅孙立人驻守都匀的缉私总队。25名校阅官骄横怕苦、不懂军事，不仅挑剔训练，还污蔑部队纪律涣散、训练不实，意图吞并这支精锐。孙立人愤懑不已，一面准备赴重庆申诉，一面派人秘密寻找新驻地以拒戴笠。

1942年初，孙立人赴重庆求助孔祥熙，得知此为蒋介石手谕，无力更改。恰逢日军入侵缅甸、滇缅公路告急，中国组建远征军入缅作战，原定入缅的79军突发兵变，空缺出编制。何应钦主动召见孙立人，批准其部队参战。

最终，缉私总队二、三、四团整编为新编第38师，隶属第66军，由孙立人率领入缅，其余三团划归缉私署。

1942年4月，孙立人率113团驰援仁安羌，击溃日军，解救7000英军及500余名被俘人员，取得远征军入缅首捷，获中、美、英三国勋章。

缅甸战局失利后，杜聿明率部走野人山回国，孙立人拒绝命令，遵照史迪威、罗卓英指令率新38师撤往印度，保存了主力。部队后进驻兰姆珈整训，改编为中国驻印军，孙立人升任新一军军长，率部发起缅北反攻，再创辉煌。