1933年春天，日本关东军逼近长城，平津震动。南京方面有人提出，可以效仿日本当年逼迫袁世凯签订“二十一条”的法子，也派一个宪兵司令去塘沽，跟日本人签一个妥协协定。
王芸生在《大公报》上尖锐地指出，幻想用象征性抵抗来换取日本的止步，是对这个帝国主义的本质完全无知。

王芸生对日本的剖析，起点在于他主持编纂的七卷本《六十年来中国与日本》。
这不是一部干巴巴的史料堆砌，而是从1871年《中日修好条规》开始，系统地剖析日本大陆政策如何像胚胎一样孕育、成形、膨胀，直到成为吞噬一切的巨兽。
王芸生对日本的研究方法是朴素的，又是致命的：把日本每一次对华侵略的原始文件、外交照会、内阁决议、军部讲话摊开在太阳底下，让它们自己说话。
通过这些原始材料，王芸生抓到了日本大陆政策一根贯穿始终的黑线。
从山县有朋在1890年提出“主权线”与“利益线”的概念开始，日本的扩张就不再是某一个狂人的冲动，而是一台由国家机器驱动的精密齿轮系统。
所谓主权线，是日本本土；所谓利益线，是朝鲜、是满洲、是蒙疆。
王芸生点破，这条所谓利益线从来不是固定的，它是一根不断向前滚动的战壕，朝鲜一旦到手，满洲就变成新的利益线；满洲一旦吞下，华北又成了下一道利益线。他在一九三七年七月的一篇社评里写下冷峻的判断：“日本无政策，只有动之态势。其动也，如大雪崩，初则一片，继则全山皆动，终则不可止。”
王芸生提醒世人，日本所谓无政策，不是真的没有计划，而是说任何理性的政治考量最终都会被打着“国运”旗号的军事冒险碾碎。

这种军事冒险根植于王芸生反复剖析的日本体制痼疾——军部的独走。
他看得太清楚了，日本政治存在一个毒（瘤）般的二元结构：内阁对着议会鞠躬，军部却可以不通过内阁直接向天皇上奏。统帅权独立于国务之外，这就给了任何佐级军官以“下克上”的操作空间。石原莞尔在关东军参谋部里画几张图，就能策动九一八事变；驻朝鲜的日军司令官可以不等东京命令，便挥师越过图们江。
王芸生对此有一段极精练的概括：“其国内政治，为军部所挟持；其外交，为军部所操持；其一切国策，皆听命于少壮军人之冒险。”
他警告国内那些寄望于日本“稳健派”能压制“激进派”的人，不要再做梦了。日本的政治肌体已经病变到了这种程度：不是军部服从政府，而是政府一旦不能满足军部的胃口，就会被指为“软弱”乃至“国贼”，犬养毅首相在五一五事件中被海军青年军官枪杀于首相官邸，就是血淋淋的例子。

而要理解日本的疯狂，王芸生认为，必须洞察其民族心理。
他不像当时一些留学欧美的自由派知识分子那样，动辄从抽象的文化模式入手，而是直接抓住了日本国民性中被刻意锻造出来的那部分——对“国体”的宗教式狂热。
他引用过日莲宗的“日本第一”论调，也分析过明治以来国家神道如何把一个封建的武士伦理，升格为全体国民的道德律令。
在评述日本军国主义教育时，他写下一句很刺眼的话：“其教育之宗旨，在使国民头脑简单，身体强健，而富于服从心。”所谓头脑简单，并非智力低下，而是停止怀疑。当整个民族被植入“万世一系”的天皇神话，当国家的一切行为都被赋予神性，那么对外侵略就不再是需要论证的国策，而成了神圣的使命。
这种精神构造之下，战术上再怎么精明，也掩盖不住战略上的虚妄。
王芸生不断告诉读者，日本往往用战术上的精明，掩盖战略上的疯狂。
这句话至今读来，仍觉得寒气逼人。

在日本全面侵华之后，王芸生的分析越来越集中在一个问题上：日本的结局是什么？
他不止一次地指出，日本陷入了一个致命的资源悖论。它为了掠夺资源而发动战争，但战争本身的消耗迫使它必须发动更大规模的战争来获取更多资源，就像一条自己咬住自己尾巴的蛇。
他剖析日本所谓的“以战养战”，直指其在占领区的掠夺本质上是“饥饿的扩充”，根本无法形成稳定的再生产循环。因此，当太平洋战争爆发前夕，那些在租界里忧心忡忡的士绅们讨论日本会不会见好就收时，王芸生冷冷地说了一句：日本不懂“中庸之道”。他的意思是，这个国家的决策机制和文化心理决定了它不懂妥协，不懂权衡，只会在极端之间做钟摆运动，要么卑微地学习，要么狂妄地毁灭。他写道，日本之兴，在于它能彻底地模仿；日本之祸，也在于它只会模仿，而从未在精神深处经历过自省。
这种自省的缺失，使得日本在战败的废墟上也会埋下让后人不安的伏笔。
王芸生晚年在谈到中日关系时，曾说过一个意味深长的观点。
他认为日本外交有一个致命的习性，那就是“无定向”。
它永远是机会主义的，永远只服膺于眼前的实力对比，而缺乏对长久和平秩序的内在认同。中日间几千年交往的历史反复证明这一点——强大时，它会视中国为征服的对象；衰落时，它会视中国为学习的对象；而一旦它认为自己再度强大，旧的幽灵便会重新披上战甲。
所以他在生前不断提醒，与日本打交道，不要听其言，要观其行；不要被它鞠躬时的谦卑姿态迷惑，要看它在实力天平倾斜时究竟会选择哪一条路。