1908年11月，37岁的光绪与73岁的慈禧在24小时内先后去世。两人去世时间上的巧合，导致很多流言猜测光绪是被慈禧害死的。
1908年冬天，紫禁城里气氛不对，光绪皇帝三十七岁，慈禧太后七十三岁，两人两天内接连去世，宫里宫外都开始嘀咕，光绪入殓时特别急，连停灵的规矩都没做完，更让人疑心的是，他死前最后吃的一碗塌喇酸奶，正是慈禧赏的御膳。
现代科技让这百年谜团重新浮出水面，2008年，考古人员从光绪的遗骨和头发里检测出砒霜，头发里的砷含量高出正常值两千倍，毒素主要聚集在胃部，说明是有人混进食物里，一位老太医的回忆录写过，光绪临死前疼得在床上翻滚，嘴发黑，这些样子不像慢性中毒该有的模样。
历史记载说，慈禧晚年特别怕光绪，1908年她病得厉害时，咬着牙说，我不能比他先走，要是我死了，他掌了权，肯定要收拾袁世凯、李莲英这些人，更糟的是，光绪在日记里写，老佛爷得死在我前头，还打算杀掉她的心腹，这本日记后来让李莲英偷着拿给了慈禧。
虽然没有直接证据说慈禧下毒，但事情处处透着古怪，光绪死前三天还能好好走路，到后两天却突然不行了，慈禧身边的老太监说，那碗要命的酸奶是从她屋里端出来的，连入殓都偷偷让太监办了，从来没这么干过，法医一查，光绪死的时间正好在慈禧管着的宫墙里头。