2010年，薛申回到北京国安，一直跟随一队训练，但并不属于教练组成员，而是以国安技术部官员的身份参与球队的体能训练。同年9月，他正式进入魏克兴的教练组。

在国安担任助理教练期间，薛申辅佐过李章洙、帕切科、斯塔诺等多位主帅。经历了球员、教练员的角色转换，薛申对足球也有了全新的认识：“做了教练才发现自己以前的一些想法是很幼稚的，教练一定要从全局考虑，在某个时刻把某位球员的能力全部发挥出来。”

2017年7月9日，北京国安足球俱乐部官方宣布，薛申将离开国安一线队前往俱乐部新的工作岗位。

辗转多队的体能教练

2018年1月14日，薛申出任武汉卓尔足球俱乐部的体能教练。在李铁的力邀下加盟武汉卓尔俱乐部，成为球队专职体能教练。在武汉卓尔，他帮助球队成功冲超。

2020年，薛申入选中国男足教练组，参与世界杯预选赛执教工作。作为国家队体能教练，他在世界杯预选赛备战期间接受采访，阐述高强度的训练理念并为队员加油鼓劲。

2022年8月23日，薛申正式加入山东泰山足球俱乐部一队教练组。如今，他担任山东泰山足球俱乐部体能教练。

职业生涯数据与荣誉

薛申的职业生涯数据如下：

- 1998年（北京国安）：出场11次，进球1个
- 1999年（北京国安）：出场17次
- 2000年（北京国安）：出场15次
- 2001年（北京国安）：出场13次，进球1个
- 2002年（北京国安）：出场数据不详
- 2003年（北京国安）：出场9次
- 2004年（深圳红钻）：出场12次，随队获得首届中超联赛冠军
- 2005年（深圳红钻）：出场6次
- 2006年（深圳红钻）：出场14次
- 2007年（北京国安）：出场0次

荣誉方面，薛申获得了：

- 1997年青年联赛亚军
- 1997年全运会第五名
- 1998年随北京国安队获得全国足球甲A联赛季军
- 2004年随深圳红钻队获首届中超联赛冠军