延历四年（785）九月，桓武天皇的亲信、负责督造长冈京的藤原种继（藤原宇合之孙，藤原清成之子）被射死，抓住了犯人大伴继人、佐伯高成等。最后牵连出背后的首谋者是刚死去不久的大伴家持，大伴家持被夺去官位。 这个事件继续发酵，延及太子早良亲王（光仁天皇之子，桓武天皇的同母弟），因为大伴家持长期担任早良亲王的春宫大夫（太子春宫坊的长官），最后定性为大伴家持-早良亲王的阴谋事件。 这是《续日本纪》书写的版本。真相已经不可知。大伴家持的意图先不论，早良亲王可能是冤枉的。有人不希望桓武天皇的弟弟早良亲王即位，于是利用了藤原种继被暗杀的事件，将政敌大伴氏和皇位的竞争对手一网打尽。 桓武天皇有两个妃都是（藤原式家之祖）藤原宇合的孙女：（藤原宇合之子）藤原百川的女儿藤原旅子和（藤原宇合之子）藤原良继的女儿乙牟漏。藤原式家和桓武天皇是亲密结合的。 藤原旅子生了后来的淳和天皇。桓武天皇自己希望和藤原乙牟漏所生的安殿亲王（后来的平城天皇）即位，因为先帝光仁天皇（桓武天皇和早良亲王都是光仁天皇之子）的坚持，才将早良亲王立为太子。 被流放淡路的早良亲王自诉无罪，绝食而死。此后长冈京饥馑、疫病不断，当时被认为是早良亲王怨灵作祟。这是导致桓武天皇迁都平安京（位于长冈京北）的原因之一。