这名穿着清朝官服，看起来老实规矩的官员却被认为是近代最无底线投机者。在清廷与太平军的交战中，他三叛清廷、两叛太平军。不论清朝将领，还是太平军将领都对他恨之入骨。因他手中握有军队，又不得不隐忍着拉拢他。
相人极准的曾国藩曾评价他藉受抚之名，行谋叛之实，枭獍之性，断难感化，养之必成巨患。因此，曾国藩对其极度戒备，不愿与其打交道。
僧王僧格林沁更是直言不讳地说：此人反复狡诈，狼子野心，只可暂用，终必为乱。民间皖北民谣：“苗沛霖，两头倒”，形容其墙头草本性。
苗沛霖还曾假意邀约陈玉成前往寿州共图中原，设伏生擒陈玉成，押送清营邀功。陈玉成被俘时怒斥：“尔真是无赖小人！风吹两面倒，龙胜帮龙，虎胜帮虎，将来连一贼名也捞不着！” 并预言：吾今日死，苗贼明日亡。
一八六三年，苗沛霖的靠山胜保被清廷赐死，僧格林沁下令强制裁撤苗练、收回地盘。苗沛霖自知迟早被清算，第三次起兵反清。僧格林沁出兵围剿苗沛霖。
苗沛霖深夜亲自巡查壕沟、筹划突围，被早已怀恨在心的亲兵用长矛当场刺死，首级被割下献给僧格林沁。苗沛霖之死也应验了英王陈玉成的预言。那名刺死苗沛霖的亲兵被认为是陈玉成的旧部。