五月十七日，萨摩军带着尚宁王及一百多名琉球贵族返回萨摩。翌年五月，萨摩藩主岛津家久带着尚宁上江户觐见将军德川秀忠，显摆自己的“武功”，途中还在骏府城拜见了闲居在该地的德川家康。1611年尚宁王被放回琉球，在释放之前，萨摩强迫琉球割让了喜界、大岛、德之、与论、冲永良部等5岛，并对琉球领土实施了检地，将琉球的石高定为123000石，其中北方五岛35000石由萨摩藩收为己有，南部琉球王国残余领土的88000石产量中，每年要向萨摩缴纳8000石，5万石为琉球王自用，其余作为诸官俸禄。 在萨摩入侵前不久，奄美大岛的居民从中国大陆偷偷学来了制糖技术，不料这却成为了祸害的根源。当时黑砂糖（红糖）在日本属于非常贵重的商品，因此萨摩吞并奄美大岛后，为了增加财政收入，将岛上15至60岁的男性和15到30岁的女性都搜括为“作用夫”，即奴隶劳工，一个男性劳工的身价是1500到2000斤糖，女性为700到1000斤。奄美大岛和附近岛屿上的稻田全部被征用，改种甘蔗，提炼黑砂糖，然后贩运到日本高价出售。岛民匮粮，不得不以红薯和苏铁果实充饥，苏铁果有毒，许多人因烹饪方法不当而中毒死亡。在萨摩的残酷统治下，琉球北方五岛成了“黑糖地狱”。 1610年八月，萨摩藩将明朝赐给琉球的王冠、王服进献给德川幕府，但是幕府一方面奖赏萨摩，另一方面也命令萨摩不可改动琉球的旧制。幕府之所以保留琉球，除了顾忌琉球宗主国中国的反应外，更期待一个名义上独立的琉球可以充当中日贸易的中介人。萨摩虽然在形式上和名义上保留了琉球的独立，但是规定了琉球每年必须进贡的数量和金额。在残酷压榨下，每年要向萨摩提供大量的大米、芭蕉布、黑糖、牛皮，以及琉球本身并不出产的棉花、苎麻、木耳、胡椒、菜籽油等贡物。 为了征集贡品，琉球不得不在各岛上实行人头税制度，轻则导致岛民流离失所、弃家出逃，严重者如南方的与那国岛，岛民更是被迫采取“人桝田”（tounguda，图3）的残酷方式来减少人口——人桝田是一块田地，鸣钟之后，全岛15岁以上的男子要赛跑跑到这里。不能在限定时间跑到这里的（通常是老人及病残者）便被杀死，以减少加在岛民身上的人头税。 按照规定，与那国岛每年要交纳折合2000石米的“御用布”，为了避免提高征税标准，其人口长年控制在1万左右。岛上有一处名为“久部良割”（くぶらばり，kouburabari）的天然巨石【图4、图5】，石间有一道深达7米的裂缝，为了减少人口出生数量，怀孕妇女都要被迫跳过这道石缝。裂缝底部人骨累累，成为对萨摩藩的无声控诉。在宫古岛则有一块“人头税石”（nintouzei seki，图6），高1.43米，凡是身高超过这块石头的小童，都成为人头税的征收对象。
